第三方支付厂商的虚拟账户型支付工具所带来的问题相当明显，最主要的就是会造成大量在途资金，在事实上具有了银行才能拥有的资金储备功能，如何对这些游离在我国金融体系之外的资金进行监管，如何保障这些资金的安全，出现问题共责任如何界定，这些资金该如何利用、产生的利息如何分配等等，这些都是电子支付产业亟待解决的问题。
于是金融监管机构开始介入，制定了相应的《支付清算组织管理办法（意见稿）》，准备发放执照（也就是“牌照”），按照《办法（意见稿）》中仅仅靠注册资金的门槛，根本就淘汰不了多少企业，尽管1亿人民币不是小数目，但对很多第三方支付厂商来说不是什么大问题。牌照的发放必须综合考虑企业的盈利能力、信用记录、社会贡献、和银行及政府的关系等等方面”而这些方面无一是可以量化的，具体应该有哪些标准，这些标准如何评价、该有谁来评价等都存在很大争议，这也使得牌照的发放无论是发给那些企业、还有什么时候发放都存在很大的不确定性。
正式的《办法》迟迟不能出台，牌照的发放也一拖再拖，第三方支付厂商悬着的心一直不能放下来，从而无法集中精力于自己的核心业务。因为，在政策还不明朗的情况下，厂商的任何投入、任何动作都可能是为别人做嫁衣。
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[...] 指付通也在支付体系内，牌照问题和其他第三方支付企业一样是必须面对的。 [...]
[...] 如果说第三方支付企业不是金融机构，但他们具备了很多金融机构的特点，并且大部分以金融企业要求自己，如果说第三方支付企业是金融机构，那么他们又没有金融业务许可证，况且自己也公开表示自己不是金融机构。 [...]